依据《民法典》，碳排放权属于国家，作为碳排放权的客体，碳排放权利人而言，属于自然资源的使用人，因此碳排放权作为一种准物权，其所有权和他物权相分离，享有用益物权与担保物权。
依据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），应作为销售无形资产的其他权益性无形资产中的配额。其他权益性无形资产包括基础设施资产经营权、公共事业特许权、配额、经营权(包括特许经营权、连锁经营权、其他经营权)、经销权、分销权、代理权、会员权、席位权、网络游戏虚拟道具、域名、名称权、肖像权、冠名权、转会费等。
依据财政部《碳排放权交易有关会计处理暂行规定》，碳排放权应作为一项资产管理，作为碳排放权资产核算。
具体涉税情况应分以下几种情况来看：
企业交易
一、无偿取得碳排放权：
会计处理上，取得碳排放资产、使用过程中、最终自愿注销阶段均不作账务处理。
在出售时，借记“银行存款”“其他应收款”等科目，贷记“营业外收入”科目。
因此在账上均未体现出碳排放权资产。
增值税上无论是否开具增值税发票，均应按照收取的全部价款和价外费用作为销售无形资产——其他权益性无形资产（配额），即按照6%计提销项税额。由于企业可能无法取得增值税专用发票（取得了碳排放权利凭证），因此无法抵扣进项税额。
企业所得税上也以取得的货币作为转让财产收入，计入收入总额中。
二、购入取得碳排放权：
购入时：
在会计处理上，重点排放企业购入碳排放配额的，按照购买日实际支付或应付的价款（包括交易手续费等相关税费），借记“碳排放权资产”科目，贷记“银行存款”“其他应付款”等科目；重点排放企业使用购入的碳排放配额履约（履行减排义务）的，按照所使用配额的账面余额，借记“营业外支出”科目，贷记“碳排放权资产”科目。
在企业所得税上，可以依据相关的权利凭证作为税前扣除凭证。
出售时：
重点排放企业出售购入的碳排放配额的，按照出售日实际收到或应收的价款（扣除交易手续费等相关税费），借记“银行存款”“其他应收款”等科目，按照出售配额的账面余额，贷记“碳排放权资产”科目，按其差额，贷记“营业外收入”科目或借记“营业外支出”科目。
增值税上同样也是按照收取的全部价款和价外费用作为销售无形资产——其他权益性无形资产（配额），即按照6%计提销项税额。
企业所得税上也以取得的货币作为转让财产收入，计入收入总额中。
注销时：
重点排放企业自愿注销购入的碳排放配额的，按照注销配额的账面余额，借记“营业外支出”科目，贷记“碳排放权资产”科目。
在增值税上由于取得碳排放权时没有相应的增值税专用发票，因此不涉及进项税的问题。
在企业所得税上可在注销配额的当年作为资产损失准予在税前扣除。
就当注意的是，如果碳排放配额的交易可以发展成碳金融产品，作为金融商品，按照公允价值变动进行会计处理，那么在增值税上可是享受了很大的好处。在财税【2016】36号文件中，作为金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。这样一来，按照差额进行纳税，购入碳金融产品的成本就和其他商品采购一样，能达到抵扣进项税的效果了。
如果是碳金融产品，就不作为无形资产核算，其金融商品的买入价，可以选择按照加权平均法或者移动加权平均法进行核算，选择后36个月内不得变更。但是碳金融商品转让，不得开具增值税专用发票。
但是目前多数学者还是认为碳交易并不属于金融商品。在税法中规定金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。其他金融商品转让包括基金、信托、理财产品等各类资产管理产品和各种金融衍生品的转让。
其实早在2016年，七部委发布的《关于构建绿色金融体系的指导意见》发展各类碳金融产品。促进建立全国统一的碳排放权交易市场和有国际影响力的碳定价中心。有序发展碳远期、碳掉期、碳期权、碳租赁、碳债券、碳资产证券化和碳基金等碳金融产品和衍生工具，探索研究碳排放权期货交易。
个人交易
增值税：
由于在碳排放权交易时通过全国碳排放权交易系统进行，采取协议转让、单向竞价或者其他符合规定的方式进行交易，因此双方均不知道交易对象是谁，就不涉及开具增值税发票。
如果个人交易属于偶尔可以单次申报缴纳，征收率为3%（优惠1%）；如果个人注册了个体工商户，转让收益每月不超过15万元，可以享受免征增值税的优惠；超过15万/月，则为全额按照3%（优惠1%）缴纳增值税，同时缴纳附加税费。
个人所得税：
按照财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。税率为20%，由支付方代扣代缴；如果个人注册了个体工商户，可按照核定征收率缴纳个税；如果没有核定征收，仍可享受目前应纳税所得额不超过100万/年减半征收个人所得税优惠。
参考政策：
《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）
《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）
《增值税暂行条例及实施细则》
《企业所得税法及实施条例》
《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号 ）
《碳排放权交易有关会计处理暂行规定》
《个人所得税法及实施条例》
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